Die letzte Reinigungsstufe des MHKW bildet eine Anlage zur Minderung der Stickoxide (NOx) und Dioxine im Rauchgas. Dies wird durch eine katalytische, chemische Reaktion der Rauchgasschadstoffkomponenten (NOx und Dioxine) mit Ammoniak herbeigeführt. Dabei werden die genannten Schadstoffkomponenten in unschädliche Bestandteile umgewandelt. Damit die Reaktion ablaufen kann, müssen die bis dahin auf 60°C abgekühlten Rauchgase zunächst in einem Kreuzwärmetauscher und weiter durch Dampf/Rauchgaswärmetauscher auf ca. 250°C aufgeheizt werden.
Die gereinigten Rauchgase werden von einem Saugzug angesaugt und dann an den Kamin abgegeben. Hinter der DeNOx-Anlage befinden sich die Emissionsmesseinrichtungen, die kontinuierlich alle behördlich relevanten Rauchgasschadstoffkonzentrationen messen und die die Einhaltung der Grenzwerte überwachen. Die Rauchgase verlassen die Anlage 100 m über Darmstadt bei einer Temperatur von etwa 150°C. Dabei ist das sicherbare weiße Gas unbedenklicher Wasserdampf.